Yazd?r

Pulmoner ve ekstrapulmoner t?berk?loz hastalar?nda
CCL1 rs159294 T/A gen polimorfizminin ara?t?r?lmas?

Fethi Ahmet ?ZDEM?R1, Deniz EROL2, H?seyin Y?CE3, Vahit KONAR4, Ebru KARA ?ENL?5,
Funda BULUT6, Figen DEVEC?7


1 Bart?n ?niversitesi Fen Fak?ltesi, Molek?ler Biyoloji ve Genetik B?l?m?, Bart?n,

2 F?rat ?niversitesi T?p Fak?ltesi, T?bbi Genetik Anabilim Dal?, Elaz??,

3 D?zce ?niversitesi T?p Fak?ltesi, T?bbi Genetik Anabilim Dal?, D?zce,

4 Sinop ?niversitesi Fen Edebiyat Fak?ltesi, Biyoloji B?l?m?, Sinop,

5 Necmettin Erbakan ?niversitesi Meram T?p Fak?ltesi, T?bbi Genetik Anabilim Dal?, Konya,

6 K?r?kkale ?niversitesi T?p Fak?ltesi, T?bbi Genetik Anabilim Dal?, K?r?kkale,

7 F?rat ?niversitesi T?p Fak?ltesi, G???s Hastal?klar? Anabilim Dal?, Elaz??.

?ZET

Pulmoner ve ekstrapulmoner t?berk?loz hastalar?nda CCL1 rs159294 T/A gen polimorfizminin ara?t?r?lmas?

Giri?: Bu ?al??mada ama?, pulmoner ve ekstrapulmoner t?berk?loz hastalar?ndaki, CCL1 rs159294 T/A polimorfizminin t?berk?loza yakalanma riski olu?turup olu?turmad???n? ortaya koymakt?r.

Materyal ve Metod: ?al??mam?zda Elaz?? ili y?resinde F?rat ?niversitesi T?p Fak?ltesi G???s Hastal?klar? Poliklini?ine ba?vuran, t?berk?loz te?hisi konulmu? 160 hasta ve 160 sa?l?kl? bireyden olu?an kontrol grubuna ait ki?ilerden periferal kan ?rnekleri al?narak EDTA i?eren t?plere 2 cc olacak ?ekilde konulmu?tur. Bu kan ?rneklerinden DNA izolasyonu ger?ekle?tirilerek CCL1 rs159294 T/A polimorfizmi PCR-RFLP analizi yap?larak belirlenmi?tir.

Bulgular: CCL1 rs159294 T/A polimorfizmi i?in 160 t?berk?lozlu hastan?n 98 (%61.3)'inde TT genotipi, 58 (%36.3)'inde TA genotipi, 4 (%2.5)'?nde de AA genotipi, 71 pulmoner t?berk?lozlu hastan?n 50 (%70.4)'sinde TT genotipi, 20 (%28.2)'sinde TA genotipi, 1 (%1.4)'inde de AA genotipi, 89 ekstrapulmoner t?berk?lozlu hastan?n 48 (%53.9)'inde TT genotipi, 38 (%42.7)'inde TA genotipi, 3 (%3.4)'?nde de AA genotipi tespit edilmi?tir. Kontrol grubunda ise 160 sa?l?kl? bireyin 100 (%62.5)'?nde TT genotipi, 58 (%36.3)'inde TA genotipi, 2 (%1.3)'sinde de AA genotipi belirlenmi? olup, istatistiksel olarak anlaml? bir farkl?l?k saptanamam??t?r.

Sonu?: CCL1 rs159294 T/A polimorfizmi, pop?lasyonumuz da t?berk?loz hastal???na yatk?nl?k olu?turmamaktad?r.

Anahtar Kelimeler: Pulmoner t?berk?loz, ekstrapulmoner t?berk?loz, CCL1, polimorfizm.

SUMMARY

Investigation of CCL1 rs159294 T/A gene polymorphism in pulmonary and extrapulmonary tuberculosis patients

Fethi Ahmet ?ZDEM?R1, Deniz EROL2, H?seyin Y?CE3, Vahit KONAR4, Ebru KARA ?ENL?5,
Funda BULUT6, Figen DEVEC?7


1 Department of Molecular Biology and Genetic, Faculty of Science, Bartin University, Bartin, Turkey,

2 Department of Medical Genetic, Faculty of Medicine, Firat University, Elazig, Turkey,

3 Department of Medical Genetic, Faculty of Medicine, Duzce University, Duzce, Turkey,

4 Department of Biology, Faculty of Science and Literature, Sinop University, Sinop, Turkey,

5 Department of Medical Genetic, Faculty of Meram Medicine, Necmettin Erbakan University, Konya, Turkey,

6 Department of Medical Genetic, Faculty of Medicine, Kirikkale University, Kirikkale,Turkey,

7 Department of Chest Diseases, Faculty of Medicine, Firat University, Elazig, Turkey.

Introduction: The purpose of this study is to reveal whether CCL1 rs159294 T/A polymorphism in pulmonary and extrapulmonary tuberculosis patients pose a risk to catch tuberculosis or not.

Materials and Methods: In the study, peripheral blood samples from the control group, which includes 160 patients, who consulted to F?rat University Faculty of Medicine, Pulmonology Policlinic in Elaz?? province and who were diagnosed with tuberculosis; and 160 healthy individuals, were taken and put into tubes containing EDTA. Each tube contained 2 cc blood samples. DNA isolation was made from these blood samples and CCL1 rs159294 T/A polymorphism was defined with PCR-RFLP analysis.

Results: For CCL1 rs159294 T/A polymorphism, TT genotype was found in 98 (61.3%) patients, TA genotype was found in 58 (36.3%) patients, AA genotype was found in 4 (2.5%) patients among 160 patients with tuberculosis; and TT genotype was found in 50 (70.4%) patients, TA genotype in 20 (28.2%) patients, AA genotype was found in 1 (1.4%) patient among 71 patients with pulmonary tuberculosis; TT genotype was found in 48 (53.9%) patients TA genotype was found in 38 (42.7%) patients and AA genotype was found in 3 (3.4%) patients among 89 extrapulmonary tuberculosis patients. And in control group, among 160 healthy individuals, TT genotype was found in 100 (62.5%) individuals, TA genotype was found in 58 (36.3%) individuals,? AA genotype was found in 2 (1.3%) individuals and no statistically significant difference was found.

Conclusion: CCL1 rs159294 T/A polymorphism do not form an inclination to tuberculosis in our population.

Key Words: Pulmonary tuberculosis, extrapulmonary tuberculosis, CCL1, polymorphism.

Tuberk Toraks 2013; 61(3): 200-208 • doi:10.5578/tt.5481

Geli? Tarihi/Received: 25/02/2013 - Kabul Edili? Tarihi/Accepted: 25/05/2013

G?R??

T?berk?loz, b?t?n d?nyada halk sa?l???n? tehdit eden tehlikeli bir hastal?kt?r. Tedavisi m?mk?n olmakla birlikte hastalar?n uzun s?re ila? kullanmalar? gerekmektedir. Gen polimorfizmleri pop?lasyonda yayg?n olarak g?r?l?p, etnik ve co?rafi farkl?l?klar g?stermektedir. Bir?ok durumda, h?cre metabolizmas? i?in ?nemli olan yolaklarda (DNA tamiri, h?cre d?ng?s? kontrol?, sinyal iletimi vb.) rol alan genlerin kritik pozisyonlar?nda yer al?r. Baz? durumlarda genin kodlad??? proteinin fonksiyonu ya da enzim aktivitesi bu de?i?ikliklerden ?nemli ?l??de etkilenir. H?cre metabolizmas? i?in kritik ?nem ta??yan proteinlerin fonksiyonunun bozulmas?, ?e?itli hastal?klara yol a?makta veya baz? hastal?klar i?in riski art?rmaktad?r (1).

Son 50 y?lda yap?lan ?al??malar kona??n genetik fakt?rlerinin t?berk?loza yatk?nl?kta etkili oldu?unu g?stermektedir (2,3). ?nterferon-gama (IFN-γ) genleri tahrip edilmi? farelerde t?berk?loz hastal???na yatk?nl???n olu?tu?u bilinmektedir (4).

T?berk?loz Mycobacterium tuberculosis'e kar?? olu?an imm?n yan?t ve patolojik de?i?ikliklerden olu?an hastal?k olarak kabul edilir. M. tuberculosis'e kar?? bir?ok T-lenfosit alt grubunu i?eren imm?n yan?t olu?maktad?r, fakat T h?creleri taraf?ndan IFN-g ?retimi hastal???n kontrol?nde temel fakt?r olarak g?r?lmektedir (5,6).

Aday genlerdeki varyasyonlar ve farkl?l?klar t?berk?loz yatk?nl???nda ?nemli bir ?zelliktir (7). Kemokinler, k???k sitokinlerin bir ailesidir. Bu genler l?kositlerin de?i?ik tiplerinin direkt olarak g??mesinde ?nemli rol oynamaktad?r. Bu genler CXC ve CC olarak adland?r?lan iki b?y?k alt ailede s?n?fland?r?l?r ayr?ca C ve CX3C diye adland?r?lan iki de k???k alt ailesi vard?r. Bu ailenin insanda 40'tan fazla ?yesi tan?mlanm??t?r. CXC ve CC genleri s?ras?yla insanda 4q12.21 ve 17q11.2 kromozomlar?nda k?melenmi?tir. Benzer bir ?ekilde farede de 5. ve 11. kromozomlara yerle?mi?tir (8).

CC ligand 1 (CCL1) ve CCL8 genleri kar??l?kl? olarak tip 2 h?creleri, Tc2 h?crelerini, T yard?mc? h?creleri bask?lamaktad?r. CCL1 geni monosit ?retmekte ve bu sinyal, di?er CCL genlerini te?vik etmektedir (9).

CCL genleri imm?n dengede ?nemli bir rol oynamaktad?r. Bunlar l?kositlerin aktivasyonunda, hareketinde, olgunla?malar?nda g?rev al?r (10).

Birka? kemokin, lenfositlerin g??lendirilmesinde ?nemli bir rol oynamaktad?r. Bununla ilgili kan?tlar gittik?e artmaktad?r. Ayr?ca kemokinler allerji, ast?m gibi solunum yollar? hastal?klar?nda, kan olu?umunda, damar olu?umunda yaralar?n onar?lmas?nda, embriyogenez ve organ geli?iminde, kardiyovask?ler hastal?klarda, t?m?r metastaz?nda, HIV infeksiyonunda, kemokinler ve onlar?n resept?rlerinin ?nemli rolleri vard?r (11).

T?berk?loz gran?lomas?n?n karakteristik ?zelli?i ?ok ?ekirdekli dev h?crelerdir (Multinukleer giant cell, MGC); fakat bunlar?n fonksiyonlar? hala iyi anla??lamam??t?r. CXCL8 salg?s? M. tuberculosis'in MGC ve monositleri art?rmaktad?r. M. tuberculosis? monosit ve CCL2 salg?s?n? art?rmaktad?r. CCL3 salg?s? ile b?t?n h?cre tipleri M. tuberculosis'e yan?t vermektedir. Gen ekspresyon art???yla monositlerin kemokin salg?s? birle?mektedir. ?zetle MGC gran?loma h?cre g??lenmesine katk?da bulunacakt?r, fakat bu patojene maruz kalmaya ba?l? olmayabilir (12).

Siyah ?rktan olanlar t?berk?loza daha duyarl?d?r. Baz? bireyler daha g??l? olup makrofaj pop?lasyonuna sahip olduklar?ndan t?berk?loza diren?lidirler, bu da insanlar aras?ndaki genetik polimorfizm oldu?unun kan?t? olabilir (13).

Bu ?al??mam?zda pulmoner ve ekstrapulmoner t?berk?loz hastalar?nda; CCL1 rs159294 T/A polimorfizminin pop?lasyonumuzda t?berk?loz i?in bir risk fakt?r? olup olmayaca??n? ara?t?rmay?, ara?t?rma sonucunda elde edilecek genotip ve allel frekanslar?n?n pulmoner ve ekstrapulmoner t?berk?loz hastalar?yla kontrol grubu aras?nda kar??la?t?r?lmas? ama?lanm??t?r. B?ylece gruplar aras?nda allel ve genotip frekanslar?ndaki farkl?l?klar incelenecek, bu gen polimorfizminin incelenen hastal?k ?zerinde etkili olup olmad??? ara?t?r?lacakt?r. ?al??mam?z pop?lasyonumuzda t?berk?loz hastal???nda CCL1 rs159294 T/A polimorfizminin, allel ve genotip frekanslar?n?n saptanmas? ve t?berk?loz hastal???na kar?? yatk?nl???n belirlenmesi a??s?ndan ?nem ta??maktad?r. ?al??mam?z?n gelecekte t?berk?loz hastal???yla ilgili yap?lacak ?al??malar i?in bir temel olu?turaca??n? ve yol g?sterici olaca??n? ?mit etmekteyiz.

MATERYAL ve METOD

Hastalar?n Se?imi

F?rat ?niversitesi T?p Fak?ltesi etik kurulu taraf?ndan 13.09.2009 tarih ve 148 say?l? yaz? ile onaylanan ?al??mada, Eyl?l 2009-May?s 2011 tarihleri aras?nda F?rat ?niversitesi T?p Fak?ltesi G???s Hastal?klar? Poliklini?inde pulmoner ve ekstrapulmoner t?berk?loz tan?s?yla takip ve tedavileri yap?lan hastalardan; kendilerinin, birinci derece yak?nlar?n?n, hastane otoriteleri ve hekimlerinin r?zas?yla kan ?rnekleri al?nd?. Kontrol grubunu ise, pulmoner ve ekstrapulmoner t?berk?loz ba?ta olmak ?zere herhangi bir organik ve kronik hastal??? olmayan, g?n?ll? sa?l?kl? bireylerden olu?turuldu. Hasta ve kontrol grubunun benzer co?rafi b?lgelerden olmas?na dikkat edildi. ?al??mam?z 160 sa?l?kl? kontrol grubu ile 160 pulmoner ve ekstrapulmoner t?berk?loz hastas?ndan olu?maktad?r. T?berk?loz hastalar?n?n da??l?m? Tablo 1'de g?sterilmi?tir.


Tablo 1

?rneklerin Al?nmas?, Saklanmas? ve Analizlere Haz?rlanmas?

Kanlar hastalar?n antek?bital veninden daha ?nceden haz?rlanm?? 0.3 mL'lik, EDTA (etilen diamin tetra asetik asit) i?eren t?plere 2 cc olacak ?ekilde al?nd?. Kanlar, kan al?nma i?lemleri bittikten sonra DNA safla?t?rmas? yap?l?ncaya kadar -20?C'de bekletildi. Kanlar birka? defa alt-?st edilerek homojen hale getirilip 24'erli gruplar olu?turularak ?al???ld?.

Kandan DNA ?zolasyonu

DNA safla?t?r?lmas? Promega firmas?ndan al?nan ticari Wizard Genomic DNA Purification Kiti ile ger?ekle?tirildi (Kat. No.: A1125, Madison, WI, USA). Bu kit 300 ?L kandan DNA izolasyonu i?in dizayn edilmi?tir. ?al??ma esnas?nda kitin genel kurallar?na uymak ko?uluyla baz? modifikasyonlar yap?ld?.

Oligon?kleotidler (Primerler)

CCL1 genindeki rs159294 T/A polimorfizminin de?erlendirilmesi i?in "www.ensembl.org web" adresi kullan?larak genlerin tam dizilerine ula??ld? ve primer dizayn edildi. Primerler "http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi" program? kullan?larak dizayn edildi. Polimorfizmin de?erlendirilmesinde RFLP y?ntemi kullan?l?rken ?zellikle se?ilen enzimin star aktiviteye sahip olmamas? tercih edildi. CCL1 rs159294 polimorfizminin do?rulanmas? i?in DNA dizileme yap?ld?. Bu ama?la ilgili polimorfizm i?in wild, heterozigot ve polimorfik oldu?u RFLP y?ntemiyle tespit edilen ?rnekler polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile ?o?alt?ld?.

PCR deneylerinde kullan?lacak olan oligon?kleotidler, insan DNA's? ?zerindeki ilgili gen b?lgesinin amplifikasyonunu ger?ekle?tirmek i?in kullan?ld?. Sat?n al?nan primerlerin n?kleotid sekans? ve orijini Tablo 2'de belirtilmi?tir.


Tablo 2

Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR)

Bu ?al??mada hasta ve kontrollerden elde edilen DNA ?rnekleri PCR ile ?o?alt?ld?. PCR ko?ullar? Zhang ve arkada?lar? taraf?ndan tariflenen protokole g?re belirlendi (14). PCR optimizasyonundan sonra protokol laboratuvar ?artlar?m?za g?re yeniden olu?turuldu.

PCR ??eri?i:

10X PZR Buffer??????? 3 ?L

MgCl (25 mM)?????????? 3 ?L

dNTP (2.5 mM)????????? 3 ?L

Primer R (20 pmol)???? 1 ?L

Primer F (20 pmol)???? 1 ?L

DNA???????????????????? ????5 ?L

Taq DNA Polimeraz? 0.2 ?L

Toplam vol?m 30 ?L'ye distile suyla tamamland?.

CCL1 rs159294 T/A PCR Program?

PCR i?lemi ger?ekle?tirildikten sonra %3'l?k agaroz jelde PCR ?r?nleri ko?turuldu. CCL1 rs159294 i?in 239 bp ?r?n elde edildi. Elde edilen CCL1 ?r?nleri BfaI (FspBI), (Fermentas) restriksiyon enzimiyle kesildi.

BfaI (FspBI) Restriksiyon Enzim Muamelesi

10X Reaksiyon Buffer 2.5 ?L

PCR ?r?n? 10 ?L

Su 3 ?L

Enzim [BfaI (FspBI)] 0.8 ?L

37?C'de 16 saat ink?be edildi. ?nk?basyon i?leminden sonra ?r?nler %3'l?k agaroz jelde ko?turularak hastalar?n ve kontrollerin polimorfizm sonu?lar? verildi (14).

?statistiksel Analizler

B?t?n istatistiksel testler SPSS? for Windows computing program, Version 16 (SPSS Inc. Chicago IL USA) ile ger?ekle?tirildi. Genetik da??l?m?n Hardy-Weinberg dengesine uyumu ki-kare testiyle analiz edildi. Hastalar ve kontroller aras?ndaki genotipik da??l?mlar?n farkl?l?klar? ki-kare testiyle de?erlendirildi. Kontrol ve hastalar aras?ndaki allelik da??l?m farkl?l?klar? Fisher's Exact testle de?erlendirildi. p de?erinin < 0.05 olmas? istatistiksel a??dan anlaml? olarak kabul edildi.

BULGULAR

Bu ?al??mada 160 t?berk?lozlu hasta ile 160 sa?l?kl? bireyden olu?an kontrol grubundan kan ?rnekleri al?narak DNA izolasyonu yap?lm??t?r. Hastalar?n cinsiyet da??l?m?n?n 61 (%38.1) kad?n, 99 (%61.9) erkek oldu?u, ya? ortalamalar?n?n ise 37.4 ? 14.6 y?l oldu?u belirlenmi?tir. Kontrol grubunun cinsiyet da??l?m?n?n 82 (%51.2) kad?n, 78 (%48.8) erkek oldu?u, ya? ortalamalar?n?n ise 39.3 ? 13.8 y?l oldu?u saptanm??t?r. ?zolasyon sonras? CCL1 primerleri kullan?larak PCR kurulmu?tur. DNA's? elde edilen hasta ve kontrol gruplar?n?n PCR'leri kurularak ?o?altma yap?lm??t?r. Sonra ?r?nler %3'l?k agaroz jelde ko?turularak de?erlendirilmi?tir. Hasta ve kontrol ?rneklerinde CCL1 rs159294 T/A polimorfizmi i?in 239 bp'lik ilk PCR ?r?nleri olu?turulmu?tur (?ekil 1).


?ekil 1

PCR ile amplifiye edilen gen ?r?nleri CCL1 i?in BfaI (FspBI) restriksiyon endon?kleaz enzimi ile muamele edilmi?tir. ?lgili polimorfizmin belirlenmesi i?in %3'l?k agaroz jelde ko?turularak CCL1 i?in yaban?l tip (TT), heterozigot (TA), homozigot polimorfik (AA), olgular? tespit edilmi?tir (?ekil 2).


?ekil 2

CCL1 genindeki rs159294 polimorfizmi i?in TT, AA ve TA genotiplerine ait DNA dizileme g?r?nt?leri ?ekil 3, 4,5'te g?r?lmektedir.


?ekil 3

?ekil 4

?ekil 5

Hasta ve kontrol grubu ile yapt???m?z ?al??ma sonucunda CCL1 geni i?in 160 t?berk?lozlu hastan?n 98 (%61.3)'inde TT genotipi, 58 (%36.3)'inde TA genotipi, 4 (%2.5)'?nde de AA genotipi, 71 pulmoner t?berk?lozlu hastan?n 50 (%70.4)'sinde TT genotipi, 20 (%28.2)'sinde TA genotipi, 1 (%1.4)'inde de AA genotipi, 89 ekstrapulmoner t?berk?lozlu hastan?n 48 (%53.9)'inde TT genotipi, 38 (%42.7)'inde TA genotipi, 3 (%3.4)'?nde de AA genotipi tespit edilmi?tir. Kontrol grubunda ise 160 sa?l?kl? bireyin 100 (%62.5)'?nde TT genotipi, 58 (%36.25)'inde TA genotipi, 2 (%1.3)'sinde de AA genotipi belirlenmi?tir (Tablo 3). CCL1 rs159294 polimorfizminde genotip frekanslar? ki-kare testi kullan?larak, hasta ve kontrol gruplar? kar??la?t?r?ld???nda istatistiksel olarak anlaml? bir farkl?l?k saptanamam??t?r (p> 0.05). Kontrol grubunun genotip da??l?m? Hardy Weinberg dengesi i?inde olmay?p (p< 0.05), hastalar?n genotip da??l?mlar?n?n Hardy Weinberg dengesi i?inde oldu?u belirlenmi?tir (p> 0.05).


Tablo 3

CCL1 i?in, toplam, pulmoner ve ekstrapulmoner t?berk?lozlu hastalarda T allel frekanslar? s?ras?yla; 0.19, 0.15, 0.25 olarak saptanm??; kontrol grubunda ise T allel frekans? 0.21 olarak belirlenmi?tir. A allel frekanslar? ise toplam, pulmoner ve ekstrapulmoner t?berk?lozlu hastalarda s?ras?yla; 0.81, 0.85, 0.75, kontrol grubunda ise 0.79 olarak tespit edilmi?tir (Tablo 4). Allel frekanslar? ki-kare testi kullan?larak, hasta ve kontrol gruplar? kar??la?t?r?ld???nda istatistiksel olarak anlaml? bir farkl?l???n olmad??? g?r?lm??t?r (p> 0.05).


Tablo 4

TARTI?MA

M. tuberculosis'in v?cuda giri?i ile makrofajlar imm?n yan?t?n olu?turulmas?nda ?nemli rol oynamaktad?r. Makrofajlar M. tuberculosis kona?a girdi?i andan itibaren onlar? fagosite edip, basili bir kaps?lle ?evrelemektedir. Kemokinler makrofajlar?n hareketinde g?rev alan ba????kl?k sistemi elemanlar?d?r. Kemokinler glikoprotein yap?da olup, t?berk?loz infeksiyonunda rol oynamaktad?r. ?nsan makrofajlar?,? M. tuberculosis ile kar??la?malar? durumunda bir?ok kemokin ?retmektedir (15). Kemokinler, inflamasyon yerleri ve santral sinir sistemindeki h?crelerin hareketinde hayati ?neme sahiplerdir. Kemokin genleri kromozomun 17q11.2-q12 ?zerindedir.

Thuong ve arkada?lar?n?n? latent, pulmoner ve menenjit t?berk?lozlu 273 hasta ve 188 sa?l?kl? bireyden olu?an kontrol grubunu kullanarak yapt?klar? bir ?al??mada; CCL1 geni i?erisindeki rs10491110, rs3091324, rs2072069, rs159319, rs3138031, rs159290, rs159291 ve rs159294? tek n?kleotid polimorfizmlerinin t?berk?loz ile ilgili olup olmad???n? ara?t?rm??lar ve bizim ?al??t???m?z polimorfizm olan rs159294 T/A polimorfizminin istatistiksel olarak t?berk?loza yatk?nl?k olu?turdu?unu tespit etmi?lerdir (16). ?al??malar? sonucunda T allel frekans?n? toplam t?berk?lozlu hastalarda 0.82, pulmoner t?berk?lozlu hastalarda 0.79, A allel frekans?n? toplam t?berk?lozlu hastalarda 0.19, pulmoner t?berk?lozlu hastalarda 0.21 olarak belirlemi?lerdir. ?al??mam?z sonucunda T allel frekans?n? toplam t?berk?lozlu hastalarda 0.19, pulmoner t?berk?lozlu hastalarda 0.15, A allel frekans?n? toplam t?berk?lozlu hastalarda 0.81, pulmoner t?berk?lozlu hastalarda 0.85 olarak tespit ettik. Thuong ve arkada?lar?n?n allel frekanslar?, bizim allel frekanslar?m?z ile kar??la?t?r?ld???nda, T allel frekanslar?n?n bizim belirledi?imiz T allel frekanslar?na g?re olduk?a y?ksek, A allel frekanslar?n?n bizim belirledi?imiz A allel frekanslar?na g?re de olduk?a d???k oldu?unu g?rmekteyiz. A alleli polimorfik allel olup, ?al??t???m?z pop?lasyonda yayg?n olarak g?r?lmektedir. Thuong ve arkada?lar?n?n ?al??t?klar? pop?lasyonda polimorfik A allel s?kl???n?n olduk?a d???k oldu?unu g?rmekteyiz. Allel s?kl???ndaki bu farkl?l?k istatistik sonu?lar?n? etkilemektedir.

Biz ?al??mam?zda CCL1 genindeki rs159294 T/A polimorfizminin t?berk?loza yakalanmada istatistiksel olarak bir risk olu?turmad???n? belirledik. Bunun nedeni CCL1 genindeki rs159294 T/A polimorfizm s?kl???n?n, pop?lasyonlarda farkl?l?k g?steriyor olmas? olabilir. Nitekim yap?lan ?al??mayla kendi ?al??mam?zdaki allel frekanslar?n? kar??la?t?rd???m?zda atasal allel olan T'nin hem toplam t?berk?lozlu hastalar?m?zda hem de pulmoner t?berk?lozlu hastalar?m?zda, yap?lan ?al??maya g?re daha d???k oranlarda oldu?unu g?rmekteyiz. Farkl? toplumlarda, farkl? etnik k?kene sahip pop?lasyonlardaki polimorfizmlerin, ayn? hastal?k i?in bir risk fakt?r? olu?turmad??? da bilinmektedir. Ayn? polimorfizmin, farkl? etnik k?kene sahip pop?lasyonlarda ayn? hastal??a kar?? bir risk fakt?r? olu?turmad???n? g?steren ?al??malar da mevcuttur. Thuong ve arkada?lar? yapt?klar? ?al??mada 273 hasta, 188 sa?l?kl? birey kullanm??lar ve CCL1 genindeki rs159294 T/A polimorfizminin t?berk?loza yakalanmada istatistiksel olarak bir risk olu?turdu?unu belirtmi?lerdir. Bizim ?al??mam?z 160 t?berk?lozlu hasta ve 160 kontrol grubu ile yap?lm?? olup, hasta ve sa?l?kl? bireylerin say?s? birbirine e?ittir. ?al??mam?z? hasta bireylerin say?s?n? art?rarak ya da kontrol grubundaki birey say?s?n? azaltarak yapmam?z durumunda daha farkl? bir sonu?la kar??la?abiliriz. Hasta say?s?n?n art?r?lmas? da ?al??man?n sonucunu de?i?tirebilir.

Kronik akci?er hastal?klar?n?n ?iddetlenmesi ?nemli bir ?l?m nedenidir. Hastadaki tek n?kleotid polimorfizmleri (SNP) bu kronik rahats?zl???n ?iddetlenmesine katk?da bulunabilir. Takabatake ve arkada?lar? Japonya'da 276 erkek kronik akci?er rahats?zl??? bulunan hastalarda CCL11, CCL1 ve CCL5 geni ?zerindeki 4 SNP'nin kronik akci?er hastal?klar? ?zerine etkisini ara?t?rm??lar ve ?al??ma sonucunda CCL1 gen polimorfizminin hastal???n ?iddetlenmesiyle ilgili oldu?unu bulmu?lard?r (17).

Yukar?da bahsetti?imiz ?al??malarda, CCL1 gen polimorfizmlerinin ?al???lan farkl? hastal?klarla ili?kili oldu?u g?r?lmektedir. ?al??mam?zda, CCL1 geninde farkl? bir polimorfizmin t?berk?loz hastal???yla ili?kili olup olmad???n? ara?t?rd?k. CCL1 rs159294 T/A polimorfizminin, istatistiksel olarak t?berk?loz hastal???yla anlaml? bir ili?kisinin olmad???n? tespit ettik. Literat?r bulgular?yla ?al??mam?z?n sonucunun farkl? olmas?n?n nedeni, ayn? polimorfizmin ?al???lmam?? olmas?, ?al???lan polimorfizmin farkl? bir hastal?k ?zerinde etkili olup olmad???n?n ara?t?r?lm?? olmas? olabilir. Ayr?ca, ayn? polimorfizm, ayn? hastal?k ?zerinde, etnik k?kenleri farkl? olan pop?lasyonlarda bazen hastal?kla istatistiksel olarak ili?kili iken, bazen de ili?kili olmayabilir. Bu durum ?al???lan hasta ve kontrol grubunu olu?turan bireylerin say?lar?ndaki farkl?l?k ya da polimorfik allelin g?r?lme s?kl???yla a??klanabilir. ?al??mam?zda CCL1 geni i?in, kontrol grubunun genotip da??l?m?n?n istatistiksel olarak Hardy-Weinberg dengesi i?inde olmamas? istatistik sonu?lar?n? etkilemi? olabilir. Thuong ve arkada?lar? mikroarray hibridizasyon, real time PCR tekniklerini kullanarak ?al??m??lard?r. Biz ise RFLP tekni?ini kulland?k, kullan?lan tekni?in farkl? olmas? ?al??ma sonucunu etkileyebilir.

Sonu? olarak; ?al??mam?zdan elde edilen veriler do?rultusunda, ayn? polimorfizmler, farkl? toplumlarda, t?berk?loz hastalar?nda, daha fazla t?berk?loz hastas? ve kontrol grubu ile ?al???larak, pulmoner ve ekstrapulmoner t?berk?loz hasta say?s? ve ekstrapulmoner t?berk?loz hastalar?n?n da??l?mlar? birbirine ?ok yak?n tutularak, verilerimizin daha fazla ara?t?rmayla desteklenece?i inanc?nday?z.

?IKAR ?ATI?MASI

Bildirilmemi?tir.

KAYNAKLAR

  1. Deligezer U, Ak???k EE, Dalay N. The application of the lightcycller fluoresecence PCR in polymorphism analysis, Investigation of the Mthfr C677T polymorphism in childhood and adult patients with myeloid leukemia. T?rk Onkoloji Dergisi 2004; 19: 4.
  2. Casanova J, Abel LL. Genetic dissection of immunity to mycobacteria the human model. Annu Rev Immunol 2002; 20: 581-620.
  3. Cooke GS, Hill AV. Genetics of susceptibility to human infectious disease. Nat Rev Genet 2001; 2: 77-967.
  4. Crevel R, Ottenhoff TH, Meer JW. Innate immunity to mycobacterium tuberculosis. Clin Microbiol Rev 2002; 15: 294-309.
  5. Bottasso O, Bay ML, Basedovsky H. The immuno endocrine component in the pathogenesisof tuberculosis. Scand J Immunol 2007; 66: 166-75.
  6. Srinivasan V, Maestroni GJ, Cardinali DP, Esquifino AI, Perumal SR, Miller SC. Melatonin immune function and aging. Immun Ageing 2005; 29: 17-29.
  7. Y?ld?r?m A, Bardak?? F, Karata? M, Tanyola? B. Molek?ler Biyoloji. Ankara: Nobel Yay?nc?l?k, 2007: 48.
  8. Nomiyama H, Mera A, Ohneda O, Miura R, Suda T, Yashie O. Organization of the chemokine genes in the human and mouse major clusters of CC and CXC Chemokines diversification between the two specios. Genes and Ummunity 2001; 2: 110-3.
  9. Sironi M, Martinez FO, Ambrosio DD. Differentid regulation of chemokine production by Fcg receptor engagement in human monocytes. Journal of Leukocyte Biology 2006; 80: 342-9.
  10. Ono SJ, Nakamura T, Miyazaki D. Chemokines roles in leukocyte development, trafficking, effector function. Biogen Inc 2003; 45: 168-77.
  11. Le Y, Hou Y, Iribarren P, Wong JM. Chemokines and chemokine receptors: their manifold roles in homeostasis and disease. Molecular Immunology 2004; 1: 95-104.
  12. Zhu XW, Friedland SJ. Multinucleate giant cells and the control of chemokine secretion in response to Mycobacterium tuberculosis. Clinical Immunology 2006; 120: 10-20.
  13. ?zbal Y. Tuberculosis immunology. Erciyes Medical Journal 2006; 28: 25-34.
  14. Zhang ZH, Chen F, Zhang XL, Jin Y, Bai J, Fu SB. PTPN22 allelepolymorphisms in 15 chinese populations. Int J Immunogenet 2008; 35: 433-40.
  15. Widdison S, Watson M, Piercy J, Howard C, Coffey TJ. Granulocyte chemotactic properties of M. tuberculosis versus M. bovis infected bovine alveolar macrophages. Molecular Immunology 2007; 45: 740-9.
  16. Thuong NTT, Dunstan S, Chau TTH, Thorsson V, Simmons CP, Quyen NTH, et al. Identification of tuberculosis susceptibility genes with human macrophage gene expression profiles. PLOS Pathogens 2008; 4: 1-13.
  17. Takabatake N, Shibata Y, Abe S, Wada T, Machiya J, Igarashi A, et al. A single nucleotide polymorphism in the CCL1 gene predicts acute exacerbations in chronic obstructive pulmonary disease. Am J Respir Crit Care Med 2006; 174: 875-85.

Yaz??ma Adresi (Address for Correspondence):

Dr. Fethi Ahmet ?ZDEM?R,

Bart?n ?niversitesi Fen Fak?ltesi,

Molek?ler Biyoloji ve Genetik B?l?m?,

BARTIN - TURKEY

e-mail: ozdemirfethiahmet23@yahoo.com

Yazd?r